Setelah persiapan ruangan dan peralatan yang cukup banyak di hari Sabtu dan Minggu sebelum dimulainya Pendaftaran ulang oleh para staf Subbagian Kepegawaian dan Peralatan, disiapkan pula sistem yang dibuat oleh Tim IT STAN untuk menginput kekurangan data Calon Mahasiswa yang sebagian besar merupakan data pribadi. Pendaftaran Ulang dimulai tanggal 8 sampai dengan 19 September 2008. Proses dan alur pendaftaran ulang ini mirip dengan pendaftaran Ujian Saringan Masuk beberapa waktu sebelumnya, yang dimulai dari mengisi formulir, memeriksa kelengkapan berkas, verifikasi, pengarsipan, dan input data. Hanya terdapat sedikit perbedaan, yaitu Calon Mahasiswa diharuskan berpakaian rapi dan sopan dengan mengenakan kemeja warna putih dan bawahan gelap, serta bersepatu, dan proses input data komputer ditempatkan dalam urutan terakhir setelah proses pengarsipan. Dan dalam proses ini terdapat peran dari mahasiswa yang tergabung dalam Panitia Daftar Ulang yang membantu mengatur antrian Calon Mahasiswa. Seluruh proses pendaftaran ulang tersebut tidak dipungut biaya.

Berdasarkan hasil rekapitulasi akhir sampai dengan hari Senin, 22 September 2008, jumlah Calon Mahasiswa yang melakukan pendaftaran ulang di Kampus STAN sebanyak 1.784 orang, atau sekita 81,54% dari total Peserta USM yang diterima dan telah diumumkan beberapa waktu sebelumnya.